AT2G37690.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, putative / AIR carboxylase, putative | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, putative / AIR carboxylase, putative; FUNCTIONS IN: phosphoribosylaminoimidazole carboxylase activity, catalytic activity, ATP binding; INVOLVED IN: 'de novo' IMP biosynthetic process, pollen development; LOCATED IN: chloroplast; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase (InterPro:IPR016301), PreATP-grasp-like fold (InterPro:IPR016185), ATP-grasp fold, ATP-dependent carboxylate-amine ligase-type (InterPro:IPR003135), Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, ATPase subunit (InterPro:IPR005875), 1-(5-Phosphoribosyl)-5-amino-4-imidazole-carboxylate (AIR) carboxylase (InterPro:IPR000031), ATP-grasp fold (InterPro:IPR011761), ATP-grasp fold, subdomain 2 (InterPro:IPR013816), Pre-ATP-grasp fold (InterPro:IPR013817), Rudiment single hybrid motif (InterPro:IPR011054); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: phosphoribosylaminoimidazole carboxylase family protein / AIR carboxylase family protein (TAIR:AT2G05140.1); Has 35333 Blast hits to 34131 proteins in 2444 species: Archae - 798; Bacteria - 22429; Metazoa - 974; Fungi - 991; Plants - 531; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9610 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:15806111..15810240 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 69756.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 642 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLLLKQSSAA VLVVGNTTPV LHTSRSTYRV GPFPVTRTQS FQSLTMANLQ KLPTSSSGKL NTASAVPCSS HDASPISENR ENKHVHGVSE KIVGVLGGGQ 101: LGRMLCQAAS QLAIKVMILD PSKNCSASAL SYGHMVDSFD DSATVEEFAK RCGVLTVEIE HVDVDTLEKL EKQGVDCQPK ASTIRIIQDK YMQKVHFSQH 201: GIPLPEFMEI SDIEGARKAG ELFGYPLMIK SKRLAYDGRG NAVANNQDEL SSAVTALGGF SRGLYIEKWA PFVKELAVIV ARGRDGSMVC YPVVETIHRD 301: NICHIVKAPA DVPWKINKLA TDVAQKAVGS LEGAGVFAVE LFLTEDSQIL LNEVAPRPHN SGHQTIECCY TSQFEQHLRA VVGLPLGDPS MRTPASIMYN 401: ILGEDDGEAG FKLAHRLIAR ALCIPGASVH WYDKPEMRKQ RKMGHITLVG QSMGILEQRL QCILSEQSHQ VHETPRVAII MGSDTDLPVM KDAAKILDLF 501: GVTHEVKIVS AHRTPEMMYT YATSAHSRGV QVIIAGAGGA AHLPGMVASL TPLPVIGVPV RATRLDGVDS LLSIVQMPRG VPVATVAINN ATNAALLAVR 601: MLGISDTDLV SRMRQYQEDM RDENLNKGEK LETEGWESYL NQ |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)