AT2G33540.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : C-terminal domain phosphatase-like 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
C-terminal domain phosphatase-like 3 (CPL3); FUNCTIONS IN: phosphoprotein phosphatase activity, CTD phosphatase activity; INVOLVED IN: response to salt stress; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: FCP1-like phosphatase, phosphatase domain (InterPro:IPR011947), NLI interacting factor (InterPro:IPR004274), BRCT (InterPro:IPR001357); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: C-terminal domain phosphatase-like 4 (TAIR:AT5G58003.1); Has 1686 Blast hits to 1267 proteins in 263 species: Archae - 0; Bacteria - 131; Metazoa - 483; Fungi - 269; Plants - 334; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 467 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:14204081..14208797 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 136487.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1241 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MLVARSGCSR TLIRMGNDEN LMVMVDVEEG EIPDSVNTEI EVKHKSTTTT ADVGGDVDVG VVAGGRGGGG GGSNGNSRVW TMEELISQYP AYRPYANSGL 0101: SNLAWARAVQ NKPFNEGLVM DYEPRESDKI VIEDSDDEKE EGELEEGEID LVDNASDDNL VEKDTESVVL ISADKVEDDR ILKERDLEKK VKLIRGVLES 0201: TSLVEAQTGF EGVCSRILGA LESLRELVSD NDDFPKRDTL VQLSFASLQT INYVFCSMNN ISKERNKETM SRLLTLVNDH FSQFLSFNQK NEIETMNQDL 0301: SRSAIAVFAG TSSEENVNQM TQPSNGDSFL AKKLTSESTH RGAAYLRSRL PMLPLLDLHK DHDADSLPSP TRETTPSLPV NGRHTMVRPG FPVGRESQTT 0401: EGAKVYSYES DARKAVSTYQ QKFGLNSVFK TDDLPSPTPS GEPNDGNGDV GGEVSSSVVK SSNPGSHLIY GQDVPLPSNF NSRSMPVANS VSSTVPPHHL 0501: SIHAISAPTA SDQTVKPSAK SRDPRLRLAK PDAANVTIYS YSSGDARNLS KVELSADLVN PRKQKAADEF LIDGPAWKRQ KSDTDAPKAA GTGGWLEDTE 0601: SSGLLKLESK PRLIENGVTS MTSSVMPTSA VSVSQKVRTA STDTASLQSL LKDIAVNPTM LLNLLKMGER QKVPEKAIQK PMDPRRAAQL PGSSVQPGVS 0701: TPLSIPASNA LAANSLNSGV LQDSSQNAPA AESGSIRMKP RDPRRILHGS TLQRTDSSME KQTKVNDPST LGTLTMKGKA EDLETPPQLD PRQNISQNGT 0801: SKMKISGELL SGKTPDFSTQ FTKNLKSIAD MVVVSQQLGN PPASMHSVQL KTERDVKHNP SNPNAQDEDV SVSAASVTAA AGPTRSMNSW GDVEHLFEGY 0901: DDIQRVAIQR ERVRRLEEQN KMFASQKLSL VLDIDHTLLN SAKFNEVESR HEEILRKKEE QDREKPYRHL FRFLHMGMWT KLRPGIWNFL EKASKLYELH 1001: LYTMGNKLYA TEMAKLLDPK GVLFNGRVIS KGDDGDPLDG DERVPKSKDL EGVMGMESSV VIIDDSVRVW PQHKMNLIAV ERYLYFPCSR RQFGLLGPSL 1101: LELDRDEVPE EGTLASSLAV IEKIHQNFFS HTSLDEVDVR NILASEQRKI LAGCRIVFSR IIPVGEAKPH LHPLWQTAEQ FGAVCTTQVD EHVTHVVTNS 1201: LGTDKVNWAL TRGRFVVHPG WVEASAFLYQ RANENLYAIN P |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)