AT2G31300.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:cytosol 0.967 What is SUBAcon? |
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Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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Description (TAIR10) | protein_coding : actin-related protein C1B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
putative ARP2/3 protein complex subunit p41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Computational Description (TAIR10) |
actin-related protein C1B (ARPC1B); FUNCTIONS IN: actin binding, nucleotide binding; INVOLVED IN: actin filament organization; LOCATED IN: Arp2/3 protein complex, nucleus, cytoplasm; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: WD40 repeat 2 (InterPro:IPR019782), WD40 repeat-like-containing domain (InterPro:IPR011046), Actin-related protein 2/3 complex, subunit 1 (InterPro:IPR017383), WD40-repeat-containing domain (InterPro:IPR017986), WD40/YVTN repeat-like-containing domain (InterPro:IPR015943), WD40 repeat (InterPro:IPR001680), WD40 repeat, subgroup (InterPro:IPR019781); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: actin-related protein C1A (TAIR:AT2G30910.3); Has 4117 Blast hits to 2979 proteins in 306 species: Archae - 4; Bacteria - 869; Metazoa - 1495; Fungi - 819; Plants - 455; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 475 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
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Coordinates (TAIR10) | chr2:-:13346313..13349787 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 41821.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 7.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | -0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 378 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAVVDVHRFA ESITCHAWSP DLSMVALCPN NTEVHIYKSL SQDHWERLHV LQKHDQIVSG IDWSSKSNKI VTVSHDRNSY VWSLEGAEWV PTLVILRLNR 101: AALCVQWSPK ENKFAVGSGA KTVCICYYEQ ENNWWVSKLI RKRHESSVTS VAWHPNNVLL ATTSTDGKCR VFSTFIKGVD TKDSKAGSPA ETKFGEQILQ 201: LDLSYSWAFG VKWSPSGNTL AYVGHSSMIY FVDDVGPSPL AQSVAFRDLP LRDVLFISEK MVIGVGYDSN PMVFAADDTG IWSFIRYIGE KKAASSGSSY 301: SSQFSEAFGK FYGSQSKSTT ANDASDSRGG VHDNSITSIV PLGKGGSPKV MRFSTSGLDG KIAIWDLENM QQELGNQF |
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See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)