AT2G30340.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : LOB domain-containing protein 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
LOB domain-containing protein 13 (LBD13); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: membrane; EXPRESSED IN: root, leaf; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Lateral organ boundaries, LOB (InterPro:IPR004883); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: LOB domain-containing protein 15 (TAIR:AT2G40470.1); Has 7621 Blast hits to 4763 proteins in 393 species: Archae - 10; Bacteria - 557; Metazoa - 1967; Fungi - 731; Plants - 2819; Viruses - 582; Other Eukaryotes - 955 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:12931306..12932540 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 29092.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 268 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSREREGFGE YYETVKKIKK DPAFETTTDH AVMGIRRHVA VPPGTTLNTV TPCAACKLLR RRCAEECPFS PYFSPHEPHK FAAVHKVFGA SNVSKMLLEV 101: GESQRGDAAN SLVYEANLRL RDPIYGCMGA ISALQHHIQS LQSELTTVRT EILRHKYQEA TTITSLQNNF NSTTTTSSVS CDQHALASAI LLPPPPPPPP 201: TPRPPRLLSS QPAPPPTPPV SLPSPSMVVS SSSSSNSSAT NSMYNPPPSS TAGYSNSLSS DNNVHYFD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)