AT2G20340.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.997 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Pyridoxal phosphate (PLP)-dependent transferases superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Pyridoxal phosphate (PLP)-dependent transferases superfamily protein; FUNCTIONS IN: pyridoxal phosphate binding, carboxy-lyase activity, catalytic activity, tyrosine decarboxylase activity; INVOLVED IN: response to wounding, cellular amino acid metabolic process; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aromatic-L-amino-acid decarboxylase (InterPro:IPR010977), Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain (InterPro:IPR015424), Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase (InterPro:IPR002129), Pyridoxal-phosphate binding site (InterPro:IPR021115), Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1 (InterPro:IPR015421), Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 2 (InterPro:IPR015422); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: L-tyrosine decarboxylase (TAIR:AT4G28680.1); Has 5452 Blast hits to 5431 proteins in 1792 species: Archae - 99; Bacteria - 1888; Metazoa - 2300; Fungi - 264; Plants - 262; Viruses - 5; Other Eukaryotes - 634 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:8779804..8782490 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 54426.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 490 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MENGSGKVLK PMDSEQLREY GHLMVDFIAD YYKTIEDFPV LSQVQPGYLH KLLPDSAPDH PETLDQVLDD VRAKILPGVT HWQSPSFFAY YPSNSSVAGF 101: LGEMLSAGLG IVGFSWVTSP AATELEMIVL DWVAKLLNLP EQFMSKGNGG GVIQGSASEA VLVVLIAARD KVLRSVGKNA LEKLVVYSSD QTHSALQKAC 201: QIAGIHPENC RVLTTDSSTN YALRPESLQE AVSRDLEAGL IPFFLCANVG TTSSTAVDPL AALGKIANSN GIWFHVDAAY AGSACICPEY RQYIDGVETA 301: DSFNMNAHKW FLTNFDCSLL WVKDQDSLTL ALSTNPEFLK NKASQANLVV DYKDWQIPLG RRFRSLKLWM VLRLYGSETL KSYIRNHIKL AKEFEQLVSQ 401: DPNFEIVTPR IFALVCFRLV PVKDEEKKCN NRNRELLDAV NSSGKLFMSH TALSGKIVLR CAIGAPLTEE KHVKEAWKII QEEASYLLHK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)