AT5G47240.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.998 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : nudix hydrolase homolog 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
nudix hydrolase homolog 8 (NUDT8); FUNCTIONS IN: hydrolase activity; INVOLVED IN: response to wounding; LOCATED IN: cytosol; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NUDIX hydrolase domain-like (InterPro:IPR015797), NUDIX hydrolase, conserved site (InterPro:IPR020084), Nudix hydrolase 6-like (InterPro:IPR003293), NUDIX hydrolase domain (InterPro:IPR000086); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: nudix hydrolase homolog 2 (TAIR:AT5G47650.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:19183806..19185467 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41316.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.84 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 369 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDSVSLSEVT VIKGTTHLGF MHSFRQPFCG VKISPKFYLS KVDGPKAISS SSNTKSQFVY GGGSIAATSD SGYKMNGVNL KSRTLMSSAV KERSLLDAYD 101: DEYGGVIVDH GKLPSNPYAF ASMLRASLSD WRRKGKKGVW LKLPVEQSEL VPIAIKEGFE YHHAEKGYVM LTYWIPEEEP SMLPANASHQ VGVGGFVLNQ 201: HKEVLVVQEK YCAPSITGLW KLPTGFINES EEIFSGAVRE VKEETGVDTE FSEVIAFRHA HNVAFEKSDL FFICMLRPLS DKIIIDALEI KAAKWMPLAE 301: FVEQPMIRGD KMFKRVIEIC EARLSHRYCG LSPHRLVSTF DGKPSSLYYN VVDDDHDPSH SNCSTEFYR |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)