AT1G69370.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : chorismate mutase 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes chorismate mutase 3 (CM3). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
chorismate mutase 3 (CM3); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Chorismate mutase, type II (InterPro:IPR020822), Chorismate mutase, AroQ class, eukaryotic type (InterPro:IPR008238); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: chorismate mutase 1 (TAIR:AT3G29200.1); Has 280 Blast hits to 280 proteins in 116 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 0; Fungi - 142; Plants - 120; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 16 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:26080098..26081559 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36572.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.88 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 316 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEAKLLKPAF YNSPNLNLTN SSRLISRLSI WNDKSKVGLS SGSLFLRLSA ASPIRYSRGL LRVDESEYLK LESIRHSLIR QEDSIIFNLL ERAQYRYNAD 101: TYDEDAFTME GFQGSLVEFM VRETEKLHAK VDRYKSPDEH PFFPQCLPEP ILPPIQYPQV LHRCAESINI NKKVWNMYFK HLLPRLVKPG DDGNCGSAAL 201: CDTMCLQILS KRIHFGKFVA EAKFRENPAA YETAIKEQDR TQLMQLLTYE TVEEVVKKRV EIKARIFGQD ITINDPETEA DPSYKIQPSL VAKLYGERIM 301: PLTKEVQIEY LLRRLD |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)