AT2G17370.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.643 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : 3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA reductase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a 3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA reductase (HMGR) that is involved in the synthesis of sterol and triterpenoid compounds. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA reductase 2 (HMG2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I, catalytic (InterPro:IPR004554), Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, substrate-binding (InterPro:IPR009029), Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, NAD/NADP-binding (InterPro:IPR009023), Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, catalytic (InterPro:IPR002202); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: hydroxy methylglutaryl CoA reductase 1 (TAIR:AT1G76490.1); Has 2106 Blast hits to 2105 proteins in 886 species: Archae - 203; Bacteria - 937; Metazoa - 224; Fungi - 225; Plants - 261; Viruses - 1; Other Eukaryotes - 255 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:7550007..7551981 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 60718.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 562 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEDLRRRFPT KKNGEEISNV AVDPPLRKAS DALPLPLYLT NTFFLSLFFA TVYFLLSRWR EKIRNSTPLH VVDLSEICAL IGFVASFIYL LGFCGIDLIF 101: RSSSDDDVWV NDGMIPCNQS LDCREVLPIK PNSVDPPRES ELDSVEDEEI VKLVIDGTIP SYSLETKLGD CKRAAAIRRE AVQRITGKSL TGLPLEGFDY 201: NSILGQCCEM PVGYVQIPVG IAGPLLLDGV EYSVPMATTE GCLVASTNRG FKAIHLSGGA FSVLVKDAMT RAPVVRFPSA RRAALVMFYL QDPSNFERLS 301: LIFNKSSRFA RLQSITCTIA GRNLYPRFAC STGDAMGMNM VSKGVQNVLD FVKSEFPDMD VIGISGNYCS DKKASAVNWI EGRGKHVVCE AFIKAEIVEK 401: VLKTSVEALV ELNTLKNLVG SAMAGSLGGF NAHSSNIVSA VFIATGQDPA QNVESSHCMT MILPDGDDLH ISVSMPCIEV GTVGGGTQLA SQAACLNLLG 501: VKGSNNEKPG SNAQQLARIV AGSVLAGELS LMSAIAAGQL VKSHMKYNRS SRDIGPSSQV NR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)