AT1G77130.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:golgi 1.000 ASURE: golgi What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description (TAIR10) | protein_coding : plant glycogenin-like starch initiation protein 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Computational Description (TAIR10) |
plant glycogenin-like starch initiation protein 2 (PGSIP2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycosyl transferase, family 8 (InterPro:IPR002495); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: plant glycogenin-like starch initiation protein 1 (TAIR:AT3G18660.3); Has 1471 Blast hits to 1463 proteins in 343 species: Archae - 0; Bacteria - 240; Metazoa - 259; Fungi - 287; Plants - 508; Viruses - 75; Other Eukaryotes - 102 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Coordinates (TAIR10) | chr1:-:28979066..28981228 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 71490.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 7.91 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | -0.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 618 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MIPSSSPMES RHRLSFSNEK TSRRRFQRIE KGVKFNTLKL VLICIMLGAL FTIYRFRYPP LQIPEIPTSF GLTTDPRYVA TAEINWNHMS NLVEKHVFGR 101: SEYQGIGLIN LNDNEIDRFK EVTKSDCDHV ALHLDYAAKN ITWESLYPEW IDEVEEFEVP TCPSLPLIQI PGKPRIDLVI AKLPCDKSGK WSRDVARLHL 201: QLAAARVAAS SKGLHNVHVI LVSDCFPIPN LFTGQELVAR QGNIWLYKPN LHQLRQKLQL PVGSCELSVP LQAKDNFYSA GAKKEAYATI LHSAQFYVCG 301: AIAAAQSIRM SGSTRDLVIL VDETISEYHK SGLVAAGWKI QMFQRIRNPN AVPNAYNEWN YSKFRLWQLT EYSKIIFIDA DMLILRNIDF LFEFPEISAT 401: GNNATLFNSG LMVVEPSNST FQLLMDNINE VVSYNGGDQG YLNEIFTWWH RIPKHMNFLK HFWEGDEPEI KKMKTSLFGA DPPILYVLHY LGYNKPWLCF 501: RDYDCNWNVD IFQEFASDEA HKTWWRVHDA MPENLHKFCL LRSKQKAQLE WDRRQAEKGN YKDGHWKIKI KDKRLKTCFE DFCFWESMLW HWGETNSTNN 601: SSTTTTSSPP HKTALPSL |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
See Also |
|
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)