AT1G68130.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : indeterminate(ID)-domain 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
indeterminate(ID)-domain 14 (IDD14); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, C2H2-like (InterPro:IPR015880), Zinc finger, C2H2-type (InterPro:IPR007087); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: indeterminate(ID)-domain 16 (TAIR:AT1G25250.1); Has 34626 Blast hits to 17187 proteins in 314 species: Archae - 1; Bacteria - 0; Metazoa - 32617; Fungi - 232; Plants - 764; Viruses - 1; Other Eukaryotes - 1011 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:25532484..25534317 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 47560.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 419 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MIDYERSNTT KNINTHHHNP PPSSSSSDLL PDGNGTAVTQ KRKRRPAGTP DPEAEVVSLS PRTLLESDRY VCEICNQGFQ RDQNLQMHRR RHKVPWKLLK 101: RETNEEVRKR VYVCPEPTCL HHNPCHALGD LVGIKKHFRR KHSNHKQWIC ERCSKGYAVQ SDYKAHLKTC GTRGHSCDCG RVFSRVESFI EHQDTCTVRR 201: SQPSNHRLHE QQQHTTNATQ TASTAENNEN GDLSIGPILP GHPLQRRQSP PSEQQPSTLL YPFVTNGSIE LQLLPSRNCA DETSLSLSIG TMDQKTMSEV 301: EKKSYEKGET SLEREEARRE TKRQIEIAEL EFAEAKRIRQ HARAELHKAH LFREEASRRI SATMMQITCH NCKQHFQAPA ALVPPPPQTH CTDESTSLAV 401: SYMSSATTEG EKASDRASS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)