AT1G25250.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : indeterminate(ID)-domain 16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
indeterminate(ID)-domain 16 (IDD16); FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding transcription factor activity, zinc ion binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: regulation of transcription; LOCATED IN: intracellular; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, C2H2-like (InterPro:IPR015880), Zinc finger, C2H2-type (InterPro:IPR007087); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: indeterminate(ID)-domain 14 (TAIR:AT1G68130.1); Has 32987 Blast hits to 15964 proteins in 303 species: Archae - 1; Bacteria - 31; Metazoa - 31048; Fungi - 164; Plants - 739; Viruses - 10; Other Eukaryotes - 994 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:8849549..8851520 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41483.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 362 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MELTQPIREN GDPQGHQLTD PDAEVVSLSP RTLLESDRYV CEICNQGFQR DQNLQMHRRR HKVPWKLLKR DKKDEEVRKR VYVCPEPTCL HHDPCHALGD 101: LVGIKKHFRR KHSVHKQWVC ERCSKGYAVQ SDYKAHLKTC GSRGHSCDCG RVFSRVESFI EHQDTCTIRQ PQPTNHRHLQ QHTMGLDAPS RTTSTASFGP 201: LLHGLPLLRP PRPSNQHSPA FAYPFNASSA PFESLELQLS IGMARTSAQA RHNEKRETSL TKERANEEAR KAEETRQEAK RQIEMAEKDF EKAKRIREEA 301: KTELEKAHVV REEAIKRINA TMMEITCHSC KQLFQLPVTA DESTSSLVMS YVSSATTEGE CE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)