AT4G17090.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : chloroplast beta-amylase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a beta-amylase targeted to the chloroplast. Transgenic BMY8 RNAi lines fail to accumulate maltose during cold shock suggesting that maltose accumulation coincides with BMY8 expression. Apart from maltose, the sugar content of the RNAi lines were similar to wildtype (glucose and sucrose unaffected). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
chloroplast beta-amylase (CT-BMY); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycoside hydrolase, family 14, conserved site (InterPro:IPR018238), Glycoside hydrolase, family 14 (InterPro:IPR001554), Glycoside hydrolase, catalytic core (InterPro:IPR017853), Glycoside hydrolase, family 14B, plant (InterPro:IPR001371), Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core (InterPro:IPR013781); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: beta-amylase 1 (TAIR:AT3G23920.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:9605266..9607250 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 61356.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 548 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MELTLNSSSS LIKRKDAKSS RNQESSSNNM TFAKMKPPTY QFQAKNSVKE MKFTHEKTFT PEGETLEKWE KLHVLSYPHS KNDASVPVFV MLPLDTVTMS 101: GHLNKPRAMN ASLMALKGAG VEGVMVDAWW GLVEKDGPMN YNWEGYAELI QMVQKHGLKL QVVMSFHQCG GNVGDSCSIP LPPWVLEEIS KNPDLVYTDK 201: SGRRNPEYIS LGCDSVPVLR GRTPIQVYSD FMRSFRERFE GYIGGVIAEI QVGMGPCGEL RYPSYPESNG TWRFPGIGEF QCYDKYMKSS LQAYAESIGK 301: TNWGTSGPHD AGEYKNLPED TEFFRRDGTW NSEYGKFFME WYSGKLLEHG DQLLSSAKGI FQGSGAKLSG KVAGIHWHYN TRSHAAELTA GYYNTRNHDG 401: YLPIAKMFNK HGVVLNFTCM EMKDGEQPEH ANCSPEGLVK QVQNATRQAG TELAGENALE RYDSSAFGQV VATNRSDSGN GLTAFTYLRM NKRLFEGQNW 501: QQLVEFVKNM KEGGHGRRLS KEDTTGSDLY VGFVKGKIAE NVEEAALV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)