AT1G64400.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.980 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : AMP-dependent synthetase and ligase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
long-chain acyl-CoA synthetase 3 (LACS3); FUNCTIONS IN: catalytic activity; INVOLVED IN: fatty acid biosynthetic process; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: AMP-binding, conserved site (InterPro:IPR020845), AMP-dependent synthetase/ligase (InterPro:IPR000873); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: AMP-dependent synthetase and ligase family protein (TAIR:AT4G23850.1); Has 56096 Blast hits to 52077 proteins in 3262 species: Archae - 1018; Bacteria - 35853; Metazoa - 2423; Fungi - 1951; Plants - 2073; Viruses - 1; Other Eukaryotes - 12777 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:23915802..23919681 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 74755.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 665 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATGRYIVEV EKGKQGVDGG SPSVGPVYRS IYAKDGFPEP PDDLVSAWDI FRLSVEKSPN NPMLGRREIV DGKAGKYVWQ TYKEVHNVVI KLGNSIRTIG 101: VGKGDKCGIY GANSPEWIIS MEACNAHGLY CVPLYDTLGA GAIEFIICHA EVSLAFAEEN KISELLKTAP KSTKYLKYIV SFGEVTNNQR VEAERHRLTI 201: YSWDQFLKLG EGKHYELPEK RRSDVCTIMY TSGTTGDPKG VLLTNESIIH LLEGVKKLLK TIDEELTSKD VYLSYLPLAH IFDRVIEELC IYEAASIGFW 301: RGDVKILIED IAALKPTVFC AVPRVLERIY TGLQQKLSDG GFVKKKLFNF AFKYKHKNME KGQPHEQASP IADKIVFKKV KEGLGGNVRL ILSGAAPLAA 401: HIESFLRVVA CAHVLQGYGL TESCGGTFVS IPNELSMLGT VGPPVPNVDI RLESVPEMGY DALASNPRGE ICIRGKTLFS GYYKREDLTQ EVFIDGWLHT 501: GDVGEWQPDG AMKIIDRKKN IFKLSQGEYV AVENLENIYS HVAAIESIWV YGNSYESYLV AVVCPSKIQI EHWAKEHKVS GDFESICRNQ KTKEFVLGEF 601: NRVAKDKKLK GFELIKGVHL DTVPFDMERD LITPSYKMKR PQLLKYYQKE IDEMYKKNRE VQLRV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)