AT5G25610.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : BURP domain-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
responsive to dehydration 22 (RD22) mediated by ABA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RESPONSIVE TO DESSICATION 22 (RD22); FUNCTIONS IN: nutrient reservoir activity; INVOLVED IN: response to desiccation, response to salt stress, response to abscisic acid stimulus; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: BURP (InterPro:IPR004873); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown seed protein like 1 (TAIR:AT1G49320.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:8914498..8916684 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 42261.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.91 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 392 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAIRLPLICL LGSFMVVAIA ADLTPERYWS TALPNTPIPN SLHNLLTFDF TDEKSTNVQV GKGGVNVNTH KGKTGSGTAV NVGKGGVRVD TGKGKPGGGT 101: HVSVGSGKGH GGGVAVHTGK PGKRTDVGVG KGGVTVHTRH KGRPIYVGVK PGANPFVYNY AAKETQLHDD PNAALFFLEK DLVRGKEMNV RFNAEDGYGG 201: KTAFLPRGEA ETVPFGSEKF SETLKRFSVE AGSEEAEMMK KTIEECEARK VSGEEKYCAT SLESMVDFSV SKLGKYHVRA VSTEVAKKNA PMQKYKIAAA 301: GVKKLSDDKS VVCHKQKYPF AVFYCHKAMM TTVYAVPLEG ENGMRAKAVA VCHKNTSAWN PNHLAFKVLK VKPGTVPVCH FLPETHVVWF SY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)