AT1G60930.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 0.855 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RECQ helicase L4B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
AtRECQ4B mutant showed no sensitivity to DNA damaging agents.Involved in homologous recombination. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RECQ helicase L4B (RECQ4B); FUNCTIONS IN: in 8 functions; INVOLVED IN: DNA recombination; LOCATED IN: intracellular; EXPRESSED IN: 14 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal (InterPro:IPR011545), RQC domain (InterPro:IPR018982), DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type (InterPro:IPR004589), HRDC-like (InterPro:IPR010997), DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type, N-terminal (InterPro:IPR018329), DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site (InterPro:IPR002464), DEAD-like helicase, N-terminal (InterPro:IPR014001), DNA/RNA helicase, C-terminal (InterPro:IPR001650), Helicase, superfamily 1/2, ATP-binding domain (InterPro:IPR014021), Helicase/RNase D C-terminal, HRDC domain (InterPro:IPR002121); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DNA helicase (RECQl4A) (TAIR:AT1G10930.1); Has 28171 Blast hits to 28052 proteins in 2731 species: Archae - 327; Bacteria - 17551; Metazoa - 2839; Fungi - 1949; Plants - 1368; Viruses - 5; Other Eukaryotes - 4132 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:22431093..22438302 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 128585.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1150 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MVVTRGDKFA GSSLACKSMI GANKMSGSHL HEVNNSRSHF PQTNWLKVAK AFECIPSLNK FMGSNFLYSL ESQKLGRDRE MAARSIENIA PVTVQTLARP 0101: QIEKAWCTLI NLSINNTYLR PGITPAIDND STSRTSSTKG STFKVTSNAD GSFCAHNHPE HSQRSVRGTA KSIDSFSSSS VGDNKIIIDK VPRVNYEVRD 0201: SVTVTNGMEM PPIKNSAQLA RPVEPREVSL GEIDYDDIME IIDVDQIAME HCPSTCTKQP SVSKFVDIFT SRREEEQGLP PEICSNCSHG IKLGLCPEAS 0301: THVEQMKDTL LAISNEILDN TYDLGPDHVE QLHQKRLLLK KQIQQLEILI HNKERKKSQC LVSIPSHNTQ YETPQTTNLE VVYGQTDSPT HVKEQGRCVT 0401: DNWNMPRDYL VSKERYDISS GSEEREQSVS EVIDVTDTES SNDKKWTSSD FPWTKNLEVY NKLVFGNHSF RPNQREIINA TMSGCDVFVL MPTGGGKSLT 0501: YQLPALLCAG ITLVISPLVS LIQDQIMNLL QTNISAASLS AGMEWAEQLE ILQELSSEKS KYKLLYVTPE KVAKSESLLR HLEILNSRSL LARFVIDEAH 0601: CVSQWGHDFR PDYQGLGVLK QKFPNIPMLA LTATATTSVK EDVVQALGLV NCVVFRQSFN RPNLWYSVVP KTNKCLEDID KFIRENHFDE CGIIYCLSRM 0701: DCEKVTEALR VFGHKAAFYH GSMDPGKRAF VQKQWSKDEI NIICATVAFG MGINKPDVRF VIHHSLPKSI EGYHQECGRA GRDGQRSSCV LYYSYTDYIR 0801: VKHMISQGGL GQGQMKMGYN CKASSGRMLE TNTENLLRMV SYCENEVDCR RFLQLVHLGE KFDSTNCKNT CDNCSSSKIL IDKDVTVIAR QLVALVKLTG 0901: ERFSSAHIVE IYRGSLNQSV KRNRQDTLHL HGAGKHLTKS EASRILHYLV TEDILAEGVK KSELYGSVSS LLKVNRSKAA SLLSGGQSIT MRFPSTIKVS 1001: KQSKSTANPA KVPLKQTTLP MAKAAPQDSN LSGILLTALK NLRTDIVKES PDLVMAYHIF GNATLKEISK RLPRTKEELL DINGLGKAKV SKYGDRLLET 1101: IDSTINDHYK TRPGSGKRRR DENVNPNVAE DDDPDWSASQ SHKKVVKNKK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)