AT1G59970.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Matrixin family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Matrixin family protein; FUNCTIONS IN: metallopeptidase activity, metalloendopeptidase activity, zinc ion binding; INVOLVED IN: proteolysis, metabolic process; LOCATED IN: plasma membrane, anchored to membrane; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase M10, metallopeptidase (InterPro:IPR001818), Peptidoglycan binding-like (InterPro:IPR002477), Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site (InterPro:IPR021158), Peptidase M10A, matrix metallopeptidase (InterPro:IPR021190), Peptidase, metallopeptidase (InterPro:IPR006026); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Matrixin family protein (TAIR:AT1G24140.1); Has 2665 Blast hits to 2469 proteins in 210 species: Archae - 2; Bacteria - 119; Metazoa - 2216; Fungi - 6; Plants - 186; Viruses - 42; Other Eukaryotes - 94 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:22073601..22074683 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 39762.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 360 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRTLLLTILI FFFTVNPISA KFYTNVSSIP PLQFLNATQN AWETFSKLAG CHIGENINGL SKLKQYFRRF GYITTTGNCT DDFDDVLQSA INTYQKNFNL 101: KVTGKLDSST LRQIVKPRCG NPDLIDGVSE MNGGKILRTT EKYSFFPGKP RWPKRKRDLT YAFAPQNNLT DEVKRVFSRA FTRWAEVTPL NFTRSESILR 201: ADIVIGFFSG EHGDGEPFDG AMGTLAHASS PPTGMLHLDG DEDWLISNGE ISRRILPVTT VVDLESVAVH EIGHLLGLGH SSVEDAIMFP AISGGDRKVE 301: LAKDDIEGIQ HLYGGNPNGD GGGSKPSRES QSTGGDSVRR WRGWMISLSS IATCIFLISV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)