AT1G54970.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 ASURE: extracellular What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : proline-rich protein 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a proline-rich protein that is specifically expressed in the root. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
proline-rich protein 1 (PRP1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pollen Ole e 1 allergen/extensin (InterPro:IPR006041); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: proline-rich protein 3 (TAIR:AT3G62680.1); Has 45300 Blast hits to 21383 proteins in 1373 species: Archae - 227; Bacteria - 7064; Metazoa - 17109; Fungi - 5177; Plants - 7680; Viruses - 1757; Other Eukaryotes - 6286 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:20505000..20506238 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36518.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 335 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAITRASFAI CILLSLATIA TADYYAPSSP PVYTSPVNKP TLPPPVYTPP VHKPTLPPPV YTPPVHKPTL SPPVYTKPTL PPPAYTPPVY NKPTLPAPVY 101: TPPVYKPTLS PPVYTKPTLL PPVFKPTLSP PVYTKPTLSP TVYKPTLSPP VNNKPSLSPP VYKPTLSPPV YTKPTLPPPV YKKSPSYSPP PPFAPKPTYT 201: PPTKPYVPEI IKAVGGIILC KNGYETYPIQ GAKAKIVCSE RGSYEKSKNE VVIYSDPTDF KGYFHVVLTH IKNLSNCRVK LYTSPVETCK NPTNVNKGLT 301: GVPFSMYSDK NLKLFNVGPF YFTAGSKAAP ATPRY |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)