AT1G53000.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 ASURE: mitochondrion What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Nucleotide-diphospho-sugar transferases superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a putative CMP-KDO (3-deoxy-D-manno-octulosonate) synthetase. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
KDSB; FUNCTIONS IN: 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase activity, nucleotidyltransferase activity; INVOLVED IN: lipopolysaccharide biosynthetic process; LOCATED IN: mitochondrion; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: 3-deoxy-D-manno-octulosonate cytidylyltransferase (InterPro:IPR004528), Acylneuraminate cytidylyltransferase (InterPro:IPR003329); Has 7496 Blast hits to 7495 proteins in 1549 species: Archae - 38; Bacteria - 4007; Metazoa - 8; Fungi - 0; Plants - 48; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3395 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:19745330..19747133 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 32246.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 290 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSVCSSSSSS QKTWIVNGIL AGTAIAAAIG ARAYLGRSKK FRSRVVGIIP ARYASSRFEG KPLVQILGKP MIQRTWERSK LATTLDHIVV ATDDERIAEC 101: CRGFGADVIM TSESCRNGTE RCNEALEKLE KKYDVVVNIQ GDEPLIEPEI IDGVVKALQV TPDAVFSTAV TSLKPEDGLD PNRVKCVVDN RGYAIYFSRG 201: LIPYNKSGKV NPDFPYMLHL GIQSFDSKFL KVYSELQPTP LQQEEDLEQL KVLENGYKMK VIKVDHEAHG VDTPDDVEKI ESLMRERNMS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)