AT3G17590.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : transcription regulatory protein SNF5, putative (BSH) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes the Arabidopsis homologue of yeast SNF5 and represents a conserved subunit of plant SWI/SNF complexes. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
BUSHY GROWTH (BSH); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SNF5/SMARCB1/INI1 (InterPro:IPR006939); Has 591 Blast hits to 429 proteins in 161 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 266; Fungi - 262; Plants - 37; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 26 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:6017313..6019591 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 27290.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.85 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 240 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKGLVSTGWK GPVKFRMPTA ENLVPIRLDI QFEGQRYKDA FTWNPSDPDN EVVIFAKRTV KDLKLPYAFV TQIAQSIQSQ LSDFRAYEGQ DMYTGEKIIP 101: IKLDLRVNHT LIKDQFLWDL NNFESDPEEF ARTLCKDLGV EDPEVGPAVA FAIREQLYEI AIQSVASARE SRLSKKGRRG SDHGSASKAS GLSMDLMKLF 201: SFKSSVVRKR KDLDVYEPVV DLLTSEEVDA LEAREERHAR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)