AT1G52040.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.898 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : myrosinase-binding protein 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes myrosinase-binding protein expressed in flowers. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
myrosinase-binding protein 1 (MBP1); INVOLVED IN: defense response; LOCATED IN: nucleus, vacuole; EXPRESSED IN: vascular tissue, fruit, flower, leaf; EXPRESSED DURING: seedling growth, seed development stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Mannose-binding lectin (InterPro:IPR001229); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: myrosinase-binding protein 2 (TAIR:AT1G52030.1); Has 2157 Blast hits to 791 proteins in 41 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 0; Fungi - 2; Plants - 2145; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 8 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:19350595..19352578 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 50169.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 462 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSTGGPQKLE AQGGKEGKEW DDGAEHDGVT KIYVAAGGLG IEQIRFDYVK NGQPKEGSFH GVKGRSTIST IEISHPAEYL ISMEGWYDST NIIQGIQFKS 101: NKHTSQYFGY EFLGDGTQFS LQVNDNKIIS FHGFADSHLN SVGAYFAPIS SSLTTTPNKV EAQGGNGGET FDDGVFDHVR KVYVGQGESG VAYVKFEYEK 201: DGKRETRDHG KMTLLGTEEF EVDSDDYITS IEVSVDKVFG YNSEIVTALV FKTSKGTTSP PFGMVTEKKF ELKDGNGGKL AGFHGKASDV LYALGAYFAP 301: STTSTTPSTT KKLQARGGNG GASWDDGVFD GVRKILVGQG NDGVAFVTFE YNKGSQAILG DGHGKKTLLG TETFELDYPS EYITSVEGYY DKIFGVEAEV 401: VTSLMFKTNK RTSQPFGMTA GEHFELKEDG YKVVGFHGKA GDLVHQIGVH IVPIFTNYRV AI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)