AT1G49540.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.867 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : elongator protein 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
elongator protein 2 (ELP2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: WD40 repeat 2 (InterPro:IPR019782), WD40 repeat, conserved site (InterPro:IPR019775), WD40 repeat (InterPro:IPR001680), G-protein beta WD-40 repeat, region (InterPro:IPR020472), WD40 repeat-like-containing domain (InterPro:IPR011046), WD40-repeat-containing domain (InterPro:IPR017986), WD40/YVTN repeat-like-containing domain (InterPro:IPR015943), WD40 repeat, subgroup (InterPro:IPR019781); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein (TAIR:AT1G11160.1); Has 20963 Blast hits to 10648 proteins in 489 species: Archae - 20; Bacteria - 4818; Metazoa - 7110; Fungi - 4617; Plants - 1726; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2672 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:18333767..18337382 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 92686.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 838 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSENTKVEAK RVFIGAGCNR VVNNVSWGAS GLVSFGAQNA VAVFCPKTAQ ILTTLPGHKA SVNCTHWLPT SKFAFKAKKL DRQYLLSGDS DGIIILWELS 101: TLNNDWRHVL QLPLSHKKGV TCITAYMVSE TDAMFASASS DGVVNVWDVS FPSQPSEECK VVCLDSICVD TKAIVTLSLA ELPQNPGRFA LALGGLDNKI 201: KLYSGERTGK FTSVCELKGH TDWIRSLDFS LPLHTTEEIP NSIMLVSSSQ DKVIRIWKLV LVGDVGSWRR EITLASYIEG PVFVSGTFTY QISVESVLIG 301: HEDWVYSVEW QPPVIDFIDG RLVNHQPLSI LSASMDKTMM IWRPEKKTGV WVNVVCVGEL SHCALGFYGG HWSPNSLSIL AHGYGGAFHL WRNVSSSKES 401: ENWQMQKVPS GHFAAVTDVT WARTGEYLLS VSQDQTTRVF SAWKNDEGNE AEDEHWHELA RPQVHGHDIN CVAMVQGKGN HRFVSGAEEK VVRVFEAPLS 501: FLKTLNHTCA GGEGSFPEDL QADVQVLGAN MSALGLSQKP IYLHSSSEPL ERNGGGEGLD TFETVPEAAP AELKEPPIED QLAFHTLWPE SHKLYGHGNE 601: LFSLCSDHKG NLVASSCKAQ SASMAEIWLW EVGTWKAVGR LQSHSLTVTH LEFSYDDTLL LSVSRDRHFS VFSIQRTDNG EVSHKLMAKV EAHKRIIWAC 701: SWNPFGHQFA TSSRDKTVKI WSVENDARIK QILVLPPFGS SVTAVAWTGL DRNEKSGCVA VGMESGLIEL SNVKIIETEE GTTATAALAL RLEPFMCHVS 801: AVNRLAWRPT EKCESNQSLR WLTSCGDDNC VRVFNFKF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)