AT1G10600.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.994 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : associated molecule with the SH3 domain of STAM 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
associated molecule with the SH3 domain of STAM 2 (AMSH2); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: ubiquitin-dependent protein catabolic process; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: cultured cell; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Mov34/MPN/PAD-1 (InterPro:IPR000555); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: associated molecule with the SH3 domain of STAM 3 (TAIR:AT4G16144.1); Has 1093 Blast hits to 1091 proteins in 231 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 401; Fungi - 313; Plants - 274; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 105 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:3503765..3505190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 24940.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.86 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 223 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVTLSSPSPS LSCVENVTCK SSHVSRVLIS GTDNINHGES SEAKILRDVH ISERLLEDFT ELARENTEKD LETCGTLAAF LERGIFYVTT LIIPKQESTS 101: NSCQAMNEVE VFSIQNEREL YPVGWIHTHP SQGCFMSSVD LHTHYSYQVM VPEAFAIVVA PTDSSKSYGI FKLTDPGGME VLRGCSETGF HPHKEPEDGN 201: PVYEHCSNVY KNSNLRFEIF DLR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)