AT3G54480.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.527 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : SKP1/ASK-interacting protein 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes an SKP1 interacting partner (SKIP5). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SKP1/ASK-interacting protein 5 (SKIP5); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: F-box domain, cyclin-like (InterPro:IPR001810), F-box domain, Skp2-like (InterPro:IPR022364); Has 46 Blast hits to 46 proteins in 18 species: Archae - 2; Bacteria - 2; Metazoa - 5; Fungi - 0; Plants - 35; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:20170883..20173325 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 30558.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 274 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MELHEISKLD NKKHPERIVE SKMKKRMKPY SLTSLNNLDD GCLMHILSFL SPIPDRYNTA LVCHRWRYLA CHPRLWLRVD RFVKDLSQPG VFLNIESAVS 101: AARPGDTILI VAGGNYRVSN IQIKKPLCLV GGGEIPDETT LVCARGSDSA LELLSTCKLA NLTVKAELGC CLLHRSGRLT IDGCVLQCET NPLDHLSCPI 201: VSTAGDEDIE NILSHVEVKE TVTGKIKANS VTVLQTRIEG GAKAVSTRGD LVLQRVRVMY SKAYLYFWFD VDYE |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)