AT1G09240.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:cytosol 0.998 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description (TAIR10) | protein_coding : nicotianamine synthase 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a nicotianamine synthase. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Computational Description (TAIR10) |
nicotianamine synthase 3 (NAS3); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nicotianamine synthase (InterPro:IPR004298); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: nicotianamine synthase 4 (TAIR:AT1G56430.1); Has 198 Blast hits to 195 proteins in 46 species: Archae - 20; Bacteria - 10; Metazoa - 0; Fungi - 20; Plants - 147; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Coordinates (TAIR10) | chr1:+:2984950..2985912 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 35753.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 6.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | 0.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 320 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGCQDEQLVQ TICDLYEKIS KLESLKPSED VNILFKQLVS TCIPPNPNID VTKMCDRVQE IRLNLIKICG LAEGHLENHF SSILTSYQDN PLHHLNIFPY 101: YNNYLKLGKL EFDLLEQNLN GFVPKSVAFI GSGPLPLTSI VLASFHLKDT IFHNFDIDPS ANSLASLLVS SDPDISQRMF FHTVDIMDVT ESLKSFDVVF 201: LAALVGMNKE EKVKVIEHLQ KHMAPGAVLM LRSAHGPRAF LYPIVEPCDL QGFEVLSIYH PTDDVINSVV ISKKHPVVSI GNVGGPNSCL LKPCNCSKTH 301: AKMNKNMMIE EFGAREEQLS |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
See Also |
|
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)