AT3G51950.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Zinc finger (CCCH-type) family protein / RNA recognition motif (RRM)-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Zinc finger (CCCH-type) family protein / RNA recognition motif (RRM)-containing protein; FUNCTIONS IN: RNA binding, zinc ion binding, nucleotide binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, CCCH-type (InterPro:IPR000571), RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein (TAIR:AT3G63450.3); Has 248 Blast hits to 214 proteins in 26 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 14; Fungi - 5; Plants - 227; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:19278244..19280407 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 59792.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.94 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 540 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDGYEATRIV LSRIQSLDPE NASKIMGLLL LQDHGEKEMI RLAFGPETLV HSVIVKAKKE LGLMNCSRSP WSHQDELISP KNNRGSSLNP ASLPFYANGG 101: RSSRDLTNDF ELMDDMNSRS TDFLGSVHAR SGSCVLDGLG YGGDSDLGFG GVPCSYFARG FCKNGASCRF VHSDGGADLV GSPSRIELLR SNSVPPRLAH 201: HFMTRSSLPS FSTKGVNLQQ NDVQRAAAAL MIGDELQKLG RWRPERIDLS AMACPASRQI YLTFPADSRF REEDVSNYFS TFGPVQDVRI PYQQKRMFGF 301: VTFVYPETVK SILAKGNPHF VCDSRVLVKP YKEKGKVPDK YRTNQTTERE LSPTGLDSSP RDVLGGRGFY NNTQDVLWRS KFEEEILELQ SRRLMNLQLL 401: DVKKHFQLNS PTNIHSPNPF SQSLISPRPL SVIKREYDGG EKGKGSSKEG SDDDTMNLPE RLEDSLPDSP FASPAHHLLL FADSADNNGS DLWSPSSDND 501: DNSTPSTLSD SFNSFNYQMP RLPAIGMLPG RGGPTCRVGI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)