AT3G13570.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : SC35-like splicing factor 30A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes an SC35-like splicing factor of 30 kD that is localized to the nuclear specks. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SC35-like splicing factor 30A (SCL30A); FUNCTIONS IN: RNA binding, nucleotide binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: nuclear mRNA splicing, via spliceosome, RNA splicing; LOCATED IN: nuclear speck; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SC35-like splicing factor 33 (TAIR:AT1G55310.3); Has 39411 Blast hits to 22154 proteins in 1003 species: Archae - 84; Bacteria - 1991; Metazoa - 19033; Fungi - 3968; Plants - 4828; Viruses - 731; Other Eukaryotes - 8776 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:4429564..4431602 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 30228.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 12.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 262 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRGRSYTPSP PRGYGRRGRS PSPRGRFGGS RDSDLPTSLL VRNLRHDCRQ EDLRRPFEQF GPVKDIYLPR DYYTGDPRGF GFIQFMDPAD AAEAKHQMDG 101: YLLLGRELTV VFAEENRKKP TEMRTRDRGG RSNRFQDRRR SPPRYSRSPP PRRGRRSRSR SRGYNSPPAK RHQSRSVSPQ DRRYEKERSY SRSPPHNGSR 201: VRSGSPGRVK SHSRSPRRSV SPRKNRSYTP EQARSQSPVP RQSRSPTPVP RGAQNGDRSP SQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)