AT3G05840.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.689 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Protein kinase superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a SHAGGY-like kinase involved in meristem organization. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ATSK12; FUNCTIONS IN: protein serine/threonine kinase activity, protein kinase activity; INVOLVED IN: meristem structural organization, gynoecium development, phosphorylation; LOCATED IN: cytosol; EXPRESSED IN: 7 plant structures; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), Serine/threonine-protein kinase domain (InterPro:IPR002290), Tyrosine-protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR020635), Serine/threonine-protein kinase-like domain (InterPro:IPR017442), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: shaggy-related kinase 11 (TAIR:AT5G26751.1); Has 106116 Blast hits to 104748 proteins in 3681 species: Archae - 81; Bacteria - 10864; Metazoa - 38225; Fungi - 11828; Plants - 26475; Viruses - 386; Other Eukaryotes - 18257 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:1740793..1742927 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 46589.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 409 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASVGIEPSA AVRESTGNVT DADRLPEEMK DMKIQDDKEM EATIVNGNVT ETGHIIVTTI GGRNGQPKQT ISYMAERVVG HGSFGVVFQA KCLETGETVA 101: IKKVLQDRRY KNRELQTMRL LDHPNVVSLK HCFFSTTEKD ELYLNLVLEY VPETVHRVIK HYNKLNQRMP LVYVKLYTYQ IFRSLSYIHR CIGVCHRDIK 201: PQNLLVNPHT HQVKLCDFGS AKVLVKGEPN ISYICSRYYR APELIFGATE YTTAIDVWSA GCVLAELLLG QPLFPGESGV DQLVEIIKVL GTPTREEIKC 301: MNPNYTEFKF PQIKAHPWHK IFHKRMPPEA VDLVSRLLQY SPNLRCAALD SLVHPFFDEL RDPNARLPNG RFLPPLFNFK PHELKGVPVE MVAKLVPEHA 401: RKQCPWLSL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)