AT1G31500.4
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : DNAse I-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
DNAse I-like superfamily protein; FUNCTIONS IN: hydrolase activity; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Endonuclease/exonuclease/phosphatase (InterPro:IPR005135); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DNAse I-like superfamily protein (TAIR:AT1G31530.1); Has 1261 Blast hits to 1240 proteins in 208 species: Archae - 0; Bacteria - 12; Metazoa - 523; Fungi - 244; Plants - 247; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 235 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:11273821..11276534 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 47087.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.84 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 417 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MFSSTTLHHL PRPNLLLPRK VISRRMSTNP AIEPKVRKFE SVEGVDIGSR NKSDGFFAIP LYLSKLVALY NCISLSRIGT SNENFVFSGI RFRLVSYNIL 101: AQVYVKSALL PHSPPACLKW KARSHAILSV LKNLQADFFC LQEVDEYDSF YRNNMDSLGY SGIYIQRTGQ RKRDGCAIFY KPSCAELVTK ERIEYNDLVD 201: SIKADSVSCS EQKIETSNEG KDSRKDSRDL NDPLVRLKRD CVGIMAAFRI NKPFQHIVIV ANTHLYWDPE LADVKLAQAK YLLSRLAQFK TLISDEFECT 301: PSLLLAGDFN SIPGDMVYSY LVSGNAKPTE TIEEEEAPVP LSSVYEVTRG EPKFTNCTPG FTNTLDYIFI SPSDFIKPVS ILQLPEPDSP DVVGFLPNHH 401: HPSDHLPIGA EFEIRRE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)