AT5G12130.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : integral membrane TerC family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
PIGMENT DEFECTIVE 149 (PDE149); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Integral membrane protein TerC (InterPro:IPR005496), Integral membrane protein TerC, riboswitch-linked (InterPro:IPR022369); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:3919613..3922154 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41902.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 384 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSLASVIHHG ILPPAKSDRI FLTIPVFPPD FRARGWTKSP FSLLINPSLA SAANRRLSHL PPIACSRGID QEDEEKESRE LLPHKNDENA TTSRSSSSVD 101: SGGLKDYQQE ETYKTSFKTV ALCVGTAVAF GIGIGLKEGV GKASEFFAGY ILEQSLSVDN LFVFVLVFKY FKVPLMYQNK VLTYGIAGAI VFRFTLILLG 201: TATLQKFEAV NLLLAAVLLY SSFKLFASEE DDTDLSDNFI VKTCQRFIPV TSSYDGNRFF TKHDGILKAT PLLLTVAVIE LSDIAFAVDS IPAVFGVTRD 301: PFIVLTSNLF AILGLRSLYT LISEGMDELE YLQPSIAVVL GFIGVKMILD FFGFHISTEA SLGVVALSLS TGVLLSLTNK SSDS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)