ATCG00020.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : photosystem II reaction center protein A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes chlorophyll binding protein D1, a part of the photosystem II reaction center core | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
photosystem II reaction center protein A (PSBA); FUNCTIONS IN: chlorophyll binding; INVOLVED IN: photosynthesis, light reaction; LOCATED IN: in 6 components; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Photosystem II reaction centre protein PsbA/D1 (InterPro:IPR005867), Photosynthetic reaction centre, L/M (InterPro:IPR000484); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: photosystem II reaction center protein D (TAIR:ATCG00270.1). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chrC:-:383..1444 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38938.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.94 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 353 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTAILERRES ESLWGRFCNW ITSTENRLYI GWFGVLMIPT LLTATSVFII AFIAAPPVDI DGIREPVSGS LLYGNNIISG AIIPTSAAIG LHFYPIWEAA 101: SVDEWLYNGG PYELIVLHFL LGVACYMGRE WELSFRLGMR PWIAVAYSAP VAAATAVFLI YPIGQGSFSD GMPLGISGTF NFMIVFQAEH NILMHPFHML 201: GVAGVFGGSL FSAMHGSLVT SSLIRETTEN ESANEGYRFG QEEETYNIVA AHGYFGRLIF QYASFNNSRS LHFFLAAWPV VGIWFTALGI STMAFNLNGF 301: NFNQSVVDSQ GRVINTWADI INRANLGMEV MHERNAHNFP LDLAAVEAPS TNG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)