AT2G45270.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 ASURE: mitochondrion What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : glycoprotease 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Mitochondrial protein essential for embryo development. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
glycoprotease 1 (GCP1); FUNCTIONS IN: metalloendopeptidase activity; INVOLVED IN: proteolysis, embryo development; LOCATED IN: mitochondrial inner membrane; EXPRESSED IN: 11 plant structures; EXPRESSED DURING: 7 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase M22, O-sialoglycoprotein peptidase (InterPro:IPR022450), Peptidase M22, glycoprotease (InterPro:IPR000905), Peptidase M22, glycoprotease, subgroup (InterPro:IPR017861); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Actin-like ATPase superfamily protein (TAIR:AT4G22720.2); Has 11122 Blast hits to 11085 proteins in 2922 species: Archae - 268; Bacteria - 6121; Metazoa - 269; Fungi - 294; Plants - 213; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3957 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:18666583..18669332 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 52998.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 480 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVRLFLTLSP AISRFNLYPG ISILARNNNS LRLQKHHKLK TKTPTFSLIS PSSSPNFQRT RFYSTETRIS SLPYSENPNF DDNLVVLGIE TSCDDTAAAV 101: VRGNGEILSQ VISSQAELLV QYGGVAPKQA EEAHSRVIDK VVQDALDKAN LTEKDLSAVA VTIGPGLSLC LRVGVRKARR VAGNFSLPIV GVHHMEAHAL 201: VARLVEQELS FPFMALLISG GHNLLVLAHK LGQYTQLGTT VDDAIGEAFD KTAKWLGLDM HRSGGPAVEE LALEGDAKSV KFNVPMKYHK DCNFSYAGLK 301: TQVRLAIEAK EIDAKCPVSS ATNEDRRNRA DIAASFQRVA VLHLEEKCER AIDWALELEP SIKHMVISGG VASNKYVRLR LNNIVENKNL KLVCPPPSLC 401: TDNGVMVAWT GLEHFRVGRY DPPPPATEPE DYVYDLRPRW PLGEEYAKGR SEARSMRTAR IHPSLTSIIR ADSLQQQTQT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)