AT4G04350.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : tRNA synthetase class I (I, L, M and V) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
EMBRYO DEFECTIVE 2369 (EMB2369); FUNCTIONS IN: aminoacyl-tRNA ligase activity, nucleotide binding, leucine-tRNA ligase activity, ATP binding; INVOLVED IN: tRNA aminoacylation for protein translation, embryo development ending in seed dormancy; LOCATED IN: mitochondrion, chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site (InterPro:IPR001412), Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold (InterPro:IPR014729), Leucyl-tRNA synthetase, class Ia, bacterial/mitochondrial (InterPro:IPR002302), Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, class I, anticodon-binding (InterPro:IPR013155), Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, class Ia, editing (InterPro:IPR009008), Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia (InterPro:IPR002300), Aminoacyl-tRNA synthetase, class 1a, anticodon-binding (InterPro:IPR009080); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: tRNA synthetase class I (I, L, M and V) family protein (TAIR:AT5G49030.1); Has 40727 Blast hits to 36917 proteins in 3154 species: Archae - 1372; Bacteria - 23600; Metazoa - 846; Fungi - 790; Plants - 334; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 13782 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:2128129..2133030 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 111039.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 973 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSHHQILQI RSDPFVLSHC CRHTRLTSSL TLQSPLKQPF SCLPFRWRRS YRGGVRSSTT ETHGSKKEAL VSETATTSIE LKRVYPFHEI EPKWQRYWED 101: NRIFRTPDDV DTSKPKFYVL DMFPYPSGAG LHVGHPLGYT ATDILARLRR MQGYNVLHPM GWDAFGLPAE QYAIETGTHP KTTTLKNIDR FRLQLKSLGF 201: SYDWDRELST TEPDYYKWTQ WIFLQLYKKG LAYQAEVPVN WCPALGTVLA NEEVVDGVSE RGGHPVIRKP MRQWMLKITA YADRLLEDLD ELEWPESIKE 301: MQRNWIGRSE GAELNFSILD GEGRETDKEI TVYTTRPDTL FGATYMVVAP EHQLLSYFVT AEQKQQVEEY KDFASRKSDL ERTELQKDKT GVFTGCYAKN 401: PANGDAIPIW VADYVLASYG TGAIMAVPAH DTRDNEFALK YNIPIKWVVR NEANSSDDAK QVYPGLGIIE NSSTLETGLD INQLSSKEAA LKVIEWAERT 501: GNGKKKVNYK LRDWLFARQR YWGEPIPILI LDESGETIAI SESELPLTLP ELNDFTPTGT GEPPLSKAVS WVNTVDPSTG KPAKRETSTM PQWAGSCWYY 601: LRFMDPKNPE ALVDKEKEKY WSPVDVYVGG AEHAVLHLLY SRFWHKVLYD IGVVSTKEPF KCVINQGIIL GEVQYTAWKD QEGNYVSADT EERLNEHQQV 701: TIPEEKVIKS GDHFVLKEDP SIRLIPRVYK MSKSRGNVVN PDDVVLEYGA DSLRLYEMFM GPFRDSKTWN TSGIEGVHRF LARTWRLVIG LPQSDGSFKD 801: GTLVTDDEPT LEQLRTLHKC IAKVTEEIES TRFNTGISGM MEFVNAAYKW NNQPRGIIEP FVLLLSPYAP HMAEELWSRL GHPNSLAYES FPKANPDYLK 901: NTTIVLPVQI NGKTRGTIEV EEGCSEDDAF VLASQDDKLR KYLDGQSIKK RIYVPGKILN VILDRTNVKV TTK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)