AT3G62910.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Peptide chain release factor 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Isolated in a screen for chloroplast development mutants. Pale green, albino seedlings arrest early in seedling development. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ALBINO AND PALE GREEN (APG3); FUNCTIONS IN: translation release factor activity, codon specific, translation release factor activity; INVOLVED IN: translational termination, chloroplast organization; LOCATED IN: chloroplast, cytoplasm; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptide chain release factor 1 (InterPro:IPR004373), Class I peptide chain release factor (InterPro:IPR000352), Peptide chain release factor (InterPro:IPR005139); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Peptide chain release factor 1 (TAIR:AT2G47020.1); Has 17224 Blast hits to 17222 proteins in 2820 species: Archae - 0; Bacteria - 10525; Metazoa - 262; Fungi - 197; Plants - 224; Viruses - 13; Other Eukaryotes - 6003 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:23257661..23260386 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 47531.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 422 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNSSMTTSPT ARAFLHLHSS PFTLRSRKSP SGVCLVSWPP SRSRRTRRLV CMAEPYLIRK MESVEKTWKE LSVKLADPDV VSNQSEYQKL AQSMSELDEV 101: VTVFRRFKDC EKQLLESKVL AKEAGDDEDM AEMIGSEINS LTKEIEELEK QLKVLLLPSD PLDARNILLE VRAGTGGDEA AIWTGDLVRM YQRYSERSSW 201: KFSMVSCSEA EHGGYKTCVM EIKGNRVYSK LKYESGVHRV QRVPQTETQG RVHTSTATVA IMPEADEVEV VIDPKDIELT SARSGGAGGQ NVNKVETAID 301: LFHKPSGIRI FCTEERTQIR NKARAFQLLR AKLYEIKVRE QQEKIRNERK SQVGTGARSE KIRTYNYKDS RVTDHRLKMN FALTTFLDGA LEDAVQACAA 401: LEQKELMEEL SESVAASSAT SG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)