AT3G63190.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ribosome recycling factor, chloroplast precursor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
The gene encodes a chloroplast ribosome recycling factor homologue. Analysis of mutants revealed its role in the chloroplast development and eary stages of embryo development. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ribosome recycling factor, chloroplast precursor (RRF); FUNCTIONS IN: copper ion binding; INVOLVED IN: in 6 processes; LOCATED IN: thylakoid, chloroplast stroma, chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosome recycling factor, bacterial-like (InterPro:IPR015998), Ribosome recycling factor (InterPro:IPR002661); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ribosome recycling factor (TAIR:AT3G01800.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:23342861..23344640 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 30423.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 275 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAASFSSTAP TTPVLRFRAN YSKPLLSLPD SCLRIISSAI SPSTRLIACS FKTDKLPLGA GVNLSGGPVV KRSLQKRLVI RSATIEEIEA EKSAIETDVK 101: SKMEKTIETL RTSFNSIRTG RSNAAMLDKI EVEYYGSPVS LKSIAQISTP DGSSLLLQPY DKSSLKAIEK AIVNSDLGVT PNNDGDVIRL SLPPLTSDRR 201: KELSKVVAKQ SEEGKVALRN IRRDALKSYD KLEKEKKLSE DNVKDLSSDL QKLIDVYMKK IEELYKQKEK ELMKV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)