AT1G32990.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : plastid ribosomal protein l11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
mutant has Decreased effective quantum yield of photosystem II; Pale green plants; Reduced growth rate; Plastid Ribosomal Protein L11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
plastid ribosomal protein l11 (PRPL11); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation, ribosome biogenesis; LOCATED IN: in 7 components; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L11, C-terminal domain (InterPro:IPR020783), Ribosomal protein L11, bacterial-type (InterPro:IPR006519), Ribosomal protein L11, N-terminal domain (InterPro:IPR020784), Ribosomal protein L11, conserved site (InterPro:IPR020785), Ribosomal protein L11 (InterPro:IPR000911); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ribosomal protein L11 family protein (TAIR:AT5G51610.1); Has 8526 Blast hits to 8526 proteins in 2812 species: Archae - 305; Bacteria - 5419; Metazoa - 123; Fungi - 122; Plants - 106; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2451 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:11955827..11957139 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 23149.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 222 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASSSLSTLC SSTSSSLHPN SKLSHSLSAK LSSKANVSVQ FLGKKQSPLL SSTPRFLTVI AMAPPKPGGK AKKVVGVIKL ALEAGKATPA PPVGPALGSK 101: GVNIMAFCKD YNARTADKAG YIIPVEITVF DDKSFTFILK TPPASVLLLK AAGVEKGSKD PQQDKVGVIT IDQLRTIAAE KLPDLNCTTI ESAMRIIAGT 201: AANMGIDIDP PILEPKKKAV LL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)