AT1G35680.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ribosomal protein L21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Ribosomal protein L21; FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome, RNA binding; INVOLVED IN: response to cold, translation; LOCATED IN: ribosome, chloroplast stroma, nucleus, chloroplast, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L21, conserved site (InterPro:IPR018258), Ribosomal protein L21 (InterPro:IPR001787); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ribosomal protein L21 (TAIR:AT4G30930.1); Has 7103 Blast hits to 7101 proteins in 2544 species: Archae - 0; Bacteria - 5138; Metazoa - 96; Fungi - 4; Plants - 134; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1731 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:13208777..13210246 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 24039.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 220 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASSSATLSL CSTFSAHCNV NSRRSSTILC SLSKPSLNLA KPLTGFLSPS TASTSRTAFT VAPKFAESVV EAEPETTDIE AVVVSDVSEV TEEKAKREEI 101: FAVIMVGGRQ YIVFPGRYLY TQRLKDANVD DQIVLNKVLL VGTKTHTYIG KPVVTNATVH AVVESQGLND KVVVFKYKPK KKYRRNIGHR QPNTRIRITG 201: ITGYEEYPAS PNVAVGEVNL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)