AT3G54210.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ribosomal protein L17 family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Ribosomal protein L17 family protein; FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: ribosome, chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L17 (InterPro:IPR000456); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ribosomal protein L17 family protein (TAIR:AT5G09770.1); Has 8019 Blast hits to 8019 proteins in 2737 species: Archae - 0; Bacteria - 5501; Metazoa - 121; Fungi - 128; Plants - 120; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2149 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:20067672..20068385 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 23482.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 11.91 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 211 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAIPMSMAMA TPTDSVSRVW SMSSLKSALP STASLRLPSS SSRRPVTLRL PISSPSLPSF SGLSPVNPLL SIGLPDWQSF ENGFKIVDGG GRIYAMRHGR 101: RVPKLNRPPD QRKALLRGLT TQLLKHGRIK TTRARASAMR KFVDKMITLA KDGSLHKRRQ ALGYIYEKQI VHALFAEVPD RYGERNGGYT RIIRTLPRRG 201: DNAPMAYIEL V |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)