AT3G15190.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : chloroplast 30S ribosomal protein S20, putative | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
chloroplast 30S ribosomal protein S20, putative; FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome, RNA binding; INVOLVED IN: translation, ribosome biogenesis; LOCATED IN: ribosome, chloroplast stroma, chloroplast, membrane; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein S20 (InterPro:IPR002583); Has 3989 Blast hits to 3989 proteins in 1480 species: Archae - 0; Bacteria - 3264; Metazoa - 2; Fungi - 0; Plants - 49; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 674 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:5116216..5117412 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 21827.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.85 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 202 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATIVQCLSS CATLESQFKV LSLKGISCSS PSSSFSNRRG ASATLSSSLS FSQSVSQCVA FSTGNLWVQK PMRQLIVCEA AAPTKKADSA AKRARQAEKR 101: RVYNKSKKSE ARTRMKKVLE ALEGLKKKTD AQADEIVTVE KLIGEAYSAI DKAVKVKALH KNTGARRKSR LARRKKAVEI HHGWYVPDAA AAAPSEAVPM 201: AA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)