AT1G78630.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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| FP Images |
Arabidopsis cell culture (plastidal marker)
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ribosomal protein L13 family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
embryo defective 1473 (emb1473); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation, embryo development ending in seed dormancy; LOCATED IN: thylakoid, ribosome, chloroplast, chloroplast stroma; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L13, bacterial-type (InterPro:IPR005823), Ribosomal protein L13 (InterPro:IPR005822); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ribosomal protein L13 family protein (TAIR:AT3G01790.2); Has 8725 Blast hits to 8725 proteins in 2839 species: Archae - 248; Bacteria - 5258; Metazoa - 358; Fungi - 293; Plants - 251; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2317 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:29575997..29577406 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 26790.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 241 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAVLCSSSTV ILSSSSVKSS GSERKSPFLG FSLTAISKPS VRVGIYANSK RGLQVKCEAE PTTTTSLVPA NQRWMFDEEE ANGPDIWNTT WYPKASDHVN 101: TDKPWFVVDA TDKILGRLAS TIANHIRGKN LASYTPSVDM GAFVIVVNAE KVAVSGKKRN QKLYRRHSGR PGGMTVETFD QLQQRIPERI VEHAVRGMLP 201: KGRLGRALFN HLKVYKGPDH PHEAQKPLDL PIRDKRIQLQ K |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)