AT3G62030.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : rotamase CYP 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
nuclear-encoded chloroplast stromal cyclophilin CYP20-3 (also known as ROC4). Protein is tyrosine-phosphorylated and its phosphorylation state is modulated in response to ABA in Arabidopsis thaliana seeds. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
rotamase CYP 4 (ROC4); FUNCTIONS IN: peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity; INVOLVED IN: in 9 processes; LOCATED IN: in 8 components; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cyclophilin-like (InterPro:IPR015891), Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin-type (InterPro:IPR002130), Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin-type, conserved site (InterPro:IPR020892); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cyclophilin 20-2 (TAIR:AT5G13120.1); Has 16567 Blast hits to 16531 proteins in 2704 species: Archae - 108; Bacteria - 6870; Metazoa - 2913; Fungi - 1380; Plants - 1296; Viruses - 4; Other Eukaryotes - 3996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:22973708..22975139 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 28209.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.78 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 260 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASSSSMQMV HTSRSIAQIG FGVKSQLVSA NRTTQSVCFG ARSSGIALSS RLHYASPIKQ FSGVYATTKH QRTACVKSMA AEEEEVIEPQ AKVTNKVYFD 101: VEIGGEVAGR IVMGLFGEVV PKTVENFRAL CTGEKKYGYK GSSFHRIIKD FMIQGGDFTE GNGTGGISIY GAKFEDENFT LKHTGPGILS MANAGPNTNG 201: SQFFICTVKT SWLDNKHVVF GQVIEGMKLV RTLESQETRA FDVPKKGCRI YACGELPLDA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)