AT2G26930.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : 4-(cytidine 5'-phospho)-2-C-methyl-D-erithritol kinase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a 4-(cytidine 5'-phospho)-2-C-methyl-D-erithritol kinase. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
4-(cytidine 5'-phospho)-2-C-methyl-D-erithritol kinase (CDPMEK); FUNCTIONS IN: 4-(cytidine 5'-diphospho)-2-C-methyl-D-erythritol kinase activity; INVOLVED IN: response to light stimulus; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol kinase (InterPro:IPR004424), Ribosomal protein S5 domain 2-type fold (InterPro:IPR020568), GHMP kinase (InterPro:IPR006204), Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup (InterPro:IPR014721), GHMP kinase, C-terminal (InterPro:IPR013750); Has 6617 Blast hits to 6617 proteins in 2226 species: Archae - 3; Bacteria - 4583; Metazoa - 0; Fungi - 2; Plants - 69; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1960 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:11491829..11494229 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 42044.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 383 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATASPPFIS TLSFTHSSFK TSSSSSFSPK LLRPLLSFSV KASRKQVEIV FDPDERLNKI GDDVDKEAPL SRLKLFSPCK INVFLRITGK REDGFHDLAS 101: LFHVISLGDT IKFSLSPSKS KDRLSTNVQG VPVDGRNLII KALNLYRKKT GSNRFFWIHL DKKVPTGAGL GGGSSNAATA LWAANELNGG LVTENELQDW 201: SSEIGSDIPF FFSHGAAYCT GRGEIVQDLP PPFPLDLPMV LIKPREACST AEVYKRLRLD QTSNINPLTL LENVTSNGVS QSICVNDLEP PAFSVLPSLK 301: RLKQRIIASG RGEYDAVFMS GSGSTIIGIG SPDPPQFIYD DEEYKNVFLS EANFMTREAN EWYKEPASAN ATTSSAESRM DFQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)