AT3G48110.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : glycine-tRNA ligases | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
glycine-tRNA ligase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
EMBRYO-DEFECTIVE-DEVELOPMENT 1 (EDD1); FUNCTIONS IN: glycine-tRNA ligase activity; INVOLVED IN: regulation of embryonic development, glycyl-tRNA aminoacylation, embryo development ending in seed dormancy; LOCATED IN: mitochondrion, chloroplast stroma, chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycyl-tRNA synthetase, class IIc, beta subunit, N-terminal (InterPro:IPR002311), Glycyl-tRNA synthetase, class II, heterodimeric (InterPro:IPR006194), Glycyl-tRNA synthetase, class IIc, beta subunit (InterPro:IPR015944), Glycyl-tRNA synthetase, class IIc, alpha subunit (InterPro:IPR002310); Has 11308 Blast hits to 11293 proteins in 1754 species: Archae - 4; Bacteria - 6864; Metazoa - 4; Fungi - 1; Plants - 40; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 4395 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:17763111..17770964 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 119780.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1067 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MAILHFSLPL IVSFLRPHAS PRFFLLPRSL SQSPFLSRRR FHRTSAVSSA AVHHQSYRNP DDDVTRAVSV PTFQQAIQRL QEYWASVGCA VMQPSNTEVG 0101: AGTMNPCTFL RVLGPEPWNV AYVEPSIRPD DSRYGENPNR LQRHTQFQVI LKPDPGNSQQ LFINSLSALG IDVTAHDIRF VEDNWESPVL GAWGLGWEIW 0201: MDGMEITQFT YFQQAGSLPL SPVSVEITYG LERIIMLLQE VDHFKKILYA DGITYGELFL ENEKEMSSYY LEHASVDRLQ KHFDYFDEEA RSLLALGLPI 0301: PAYDQLLKTS HAFNILDARG FIGVTERARY FGRMRSLARQ CAQLWLATRE SLGHPLGVAS EPVPPVCHRA ALEKVAEKVS EDPRSFIIEI GTEEMPPQDV 0401: INASEQLRVL VLELLENQRL RHGAVKAFGT PRRLVVLVDA MSSKQLEEEV EVRGPPASKA FDDEGNPTKA AEGFSRRYGV PLEKLYRKVS GKTEYVHARV 0501: TEPARLALEV LSEDLPGILA KISFPKSMRW NSSVMFSRPI RWVMALHGDL VVPFSFAGIS SGNVSCGLRN TASASLLVQN AESYEDTMRN SGINIEIEER 0601: KKIILEKSNA LAKSVSGRLV VPQNLLNEVA NLVEAPVPLI GKFKESFLEL PEELLTIVMQ KHQKYFSIID ESGQLLPYFI AVANGAINED VVKKGNEAVL 0701: RARYEDAKFF YEVDTRKRFS EFRDQLQGIL FHEKLGTMLD KMNRLKKMVS KLCLALKIDE DLLPVVEDAA SLAMSDLATA VVTEFTALSG IMARHYALRD 0801: GYSEQIAEAL LEITLPRFSG DVIPKTDAGM VLAIGDRLDS LVGLFAAGCQ PSSTNDPFGL RRISYGLVQI LVEKDKNVNF KRVLELAASV QPTKVEANTV 0901: EDVYQFVTRR LEQLLVDNGV SPEVVRSVLA ERGNNPCLAA RTAYKTEKLS KGEMFPKIVE AYSRPTRIVR GKDVGVGVEV DENAFETPQE RTLWSTYTSI 1001: KDRIHTGIEI EDFTEISMQL VEPLEDFFNN VFVMVEEERV RKNRLALLNN IANLPKGVID LSFLPGF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)