AT3G47520.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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| FP Images |
Arabidopsis cell culture (plastidal marker)
onion epidermal cell layer (plastidal marker)
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : malate dehydrogenase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with NAD-dependent malate dehydrogenase activity, located in chloroplasts. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
malate dehydrogenase (MDH); FUNCTIONS IN: in 6 functions; INVOLVED IN: response to cold; LOCATED IN: in 8 components; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal (InterPro:IPR022383), Malate dehydrogenase, NAD-dependent, eukaryote/gamma proteobacteria (InterPro:IPR010097), NAD(P)-binding domain (InterPro:IPR016040), L-lactate/malate dehydrogenase (InterPro:IPR001557), Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal (InterPro:IPR001236), Malate dehydrogenase, active site (InterPro:IPR001252), Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal (InterPro:IPR015955); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: peroxisomal NAD-malate dehydrogenase 1 (TAIR:AT2G22780.1); Has 17295 Blast hits to 17293 proteins in 5537 species: Archae - 237; Bacteria - 12026; Metazoa - 1437; Fungi - 394; Plants - 805; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2396 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:17513657..17514868 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 42407.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.81 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 403 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATATSASLF STVSSSYSKA SSIPHSRLQS VKFNSVPSFT GLKSTSLISG SDSSSLAKTL RGSVTKAQTS DKKPYGFKIN ASYKVAVLGA AGGIGQPLSL 101: LIKMSPLVST LHLYDIANVK GVAADLSHCN TPSQVRDFTG PSELADCLKD VNVVVIPAGV PRKPGMTRDD LFNINANIVK TLVEAVAENC PNAFIHIISN 201: PVNSTVPIAA EVLKKKGVYD PKKLFGVTTL DVVRANTFVS QKKNLKLIDV DVPVIGGHAG ITILPLLSKT KPSVNFTDEE IQELTVRIQN AGTEVVDAKA 301: GAGSATLSMA YAAARFVESS LRALDGDGDV YECSFVESTL TDLPFFASRV KIGKNGLEAV IESDLQGLTE YEQKALEALK VELKASIDKG VAFANKPAAA 401: AAN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)