AT5G14920.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Gibberellin-regulated family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Gibberellin-regulated family protein; INVOLVED IN: response to gibberellin stimulus; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Gibberellin regulated protein (InterPro:IPR003854); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: GAST1 protein homolog 3 (TAIR:AT4G09600.1); Has 178772 Blast hits to 67361 proteins in 2790 species: Archae - 781; Bacteria - 40130; Metazoa - 64437; Fungi - 23576; Plants - 19463; Viruses - 6498; Other Eukaryotes - 23887 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:4826598..4827761 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 29139.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 275 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MALSLLSVFI FFHVFTNVVF AASNEESNAL VSLPTPTLPS PSPATKPPSP ALKPPTPSYK PPTLPTTPIK PPTTKPPVKP PTIPVTPVKP PVSTPPIKLP 101: PVQPPTYKPP TPTVKPPSVQ PPTYKPPTPT VKPPTTSPVK PPTTPPVQSP PVQPPTYKPP TSPVKPPTTT PPVKPPTTTP PVQPPTYNPP TTPVKPPTAP 201: PVKPPTPPPV RTRIDCVPLC GTRCGQHSRK NVCMRACVTC CYRCKCVPPG TYGNKEKCGS CYANMKTRGG KSKCP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)