AT5G02190.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 0.955 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Eukaryotic aspartyl protease family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes an aspartic protease, has an important role in determining cell fate during embryonic development and in reproduction processes. The loss-of-function mutation of PCS1 causes degeneration of both male and female gametophytes and excessive cell death of developing embryos during torpedo stage. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
PROMOTION OF CELL SURVIVAL 1 (PCS1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase aspartic (InterPro:IPR021109), Peptidase aspartic, catalytic (InterPro:IPR009007), Peptidase A1 (InterPro:IPR001461), Peptidase aspartic, active site (InterPro:IPR001969); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Eukaryotic aspartyl protease family protein (TAIR:AT2G39710.1); Has 2066 Blast hits to 2053 proteins in 143 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 95; Fungi - 96; Plants - 1822; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 53 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:435322..436683 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 49681.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 453 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MFSRFHALFL LLVLSVRTYK CVSSSSSSSS SFSFSSFSSS SSSQTLVLPL KTRITPTDHR PTDKLHFHHN VTLTVTLTVG TPPQNISMVI DTGSELSWLR 101: CNRSSNPNPV NNFDPTRSSS YSPIPCSSPT CRTRTRDFLI PASCDSDKLC HATLSYADAS SSEGNLAAEI FHFGNSTNDS NLIFGCMGSV SGSDPEEDTK 201: TTGLLGMNRG SLSFISQMGF PKFSYCISGT DDFPGFLLLG DSNFTWLTPL NYTPLIRIST PLPYFDRVAY TVQLTGIKVN GKLLPIPKSV LVPDHTGAGQ 301: TMVDSGTQFT FLLGPVYTAL RSHFLNRTNG ILTVYEDPDF VFQGTMDLCY RISPVRIRSG ILHRLPTVSL VFEGAEIAVS GQPLLYRVPH LTVGNDSVYC 401: FTFGNSDLMG MEAYVIGHHH QQNMWIEFDL QRSRIGLAPV ECDVSGQRLG IGS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)