AT4G36050.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding, nuclease activity; INVOLVED IN: DNA repair; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Endonuclease/exonuclease/phosphatase (InterPro:IPR005135), Exodeoxyribonuclease III xth (InterPro:IPR004808), Zinc finger, GRF-type (InterPro:IPR010666); Has 2122 Blast hits to 1069 proteins in 229 species: Archae - 0; Bacteria - 153; Metazoa - 440; Fungi - 325; Plants - 79; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 1123 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:17052345..17054081 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 45165.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 408 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDRCEAGPDF EKNEFRKWFR SLLVERGGSF SDVFRSKHPE RKDAFTCWSS SSGAEQFNYG SRIDHILVAG SCLHQDEDKQ GHSFLACHVK ECDILTEYKR 101: FKNENMPTRW KGGLVTKFKG SDHVPVFISF DDLPDIPEHS TPPLASRYLP MIYGFQQTLV SVFKKRRANE EAKAIEVSCS SSTQSNTSSI CGDISTGPLR 201: NCGSMGISLE KSCSFENKST SGVTEAETVA ATGSIDNLSD GIRASSVRAL NISRDGDRKK ARKIQSSQLS LKSFFTTNSK VNNVEDSSSS YVSSSPSSQV 301: ESITEPNVSG KEDSEPTTST QEQDQTGSSA KQKNDAALME WQRIQNLMQN SIPLCKGHKE ACVARVVKKP GPTFGRRFYV CSRAEGPSSN PEANCGYFKW 401: ASSKFRDK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)