AT4G24770.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : 31-kDa RNA binding protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a chloroplast RNA-binding protein. A substrate of the type III effector HopU1 (mono-ADP-ribosyltransferase). Required for editing and stability of specific chloroplast mRNAs. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
31-kDa RNA binding protein (RBP31); FUNCTIONS IN: RNA binding, poly(U) RNA binding; INVOLVED IN: RNA modification, RNA processing, innate immune response; LOCATED IN: thylakoid, chloroplast thylakoid membrane, chloroplast stroma, chloroplast, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: chloroplast RNA-binding protein 31B (TAIR:AT5G50250.1); Has 997248 Blast hits to 498569 proteins in 22111 species: Archae - 21618; Bacteria - 606023; Metazoa - 186637; Fungi - 27654; Plants - 60055; Viruses - 71042; Other Eukaryotes - 24219 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:12766223..12767952 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35789.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 329 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASSIVTSSL KPLAMADSSS STIFSHPSIS STISSSRIRS SSVSLLTGRI NLPLSFSRVS LSLKTKTHLK KSPFVSFVAQ TSDWAEEGGE GSVAVEETEN 101: SLESQDVSEG DESEGDASEG DVSEGDESEG DVSEGAVSER AEFPEPSEEA KLFVGNLAYD VNSQALAMLF EQAGTVEIAE VIYNRETDQS RGFGFVTMSS 201: VDEAETAVEK FNRYDLNGRL LTVNKAAPRG SRPERAPRVY EPAFRVYVGN LPWDVDNGRL EQLFSEHGKV VEARVVYDRE TGRSRGFGFV TMSDVDELNE 301: AISALDGQNL EGRAIRVNVA EERPPRRGY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)