AT4G20400.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : JUMONJI 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a histone H3K4 demethylase repressing floral transition. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
JUMONJI 14 (JMJ14); FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding transcription factor activity, histone demethylase activity (H3-K4 specific); INVOLVED IN: photoperiodism, flowering, negative regulation of flower development, histone H3-K4 demethylation, regulation of transcription; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transcription factor jumonji/aspartyl beta-hydroxylase (InterPro:IPR003347), FY-rich, C-terminal (InterPro:IPR003889), FY-rich, N-terminal (InterPro:IPR003888), Transcription factor jumonji, JmjN (InterPro:IPR003349), Zinc finger, C5HC2-type (InterPro:IPR004198), FY-rich, C-terminal subgroup (InterPro:IPR018516), Transcription factor jumonji (InterPro:IPR013129), FY-rich, N-terminal subgroup (InterPro:IPR018518); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Transcription factor jumonji (jmj) family protein / zinc finger (C5HC2 type) family protein (TAIR:AT1G30810.2); Has 2123 Blast hits to 1591 proteins in 195 species: Archae - 0; Bacteria - 1; Metazoa - 1105; Fungi - 471; Plants - 374; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 172 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:11009004..11013588 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 108161.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 954 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDQLASLAES VAMEEDSEKQ SIKGESSLEP DSTPSSPKIT ARWNPSEACR PLVDDAPIFY PTNEDFDDPL GYIEKLRSKA ESYGICRIVP PVAWRPPCPL 101: KEKKIWENSK FPTRIQFIDL LQNREPIKKS TKTKKRKRRR ISKIGYTRRK RDSGCDTASS GSSDSEGKFG FQTGPDFTLE EFQKYDEYFK ECYFQSEDHP 201: GSKASENKKF KPKVKDLEGE YWRIVEQATD EVEVYYGADL ETKKFGSGFP KYKPGYPISE ADQYSQCGWN LNNLSRLPGS VLAFESCDIS GVIVPWLYVG 301: MCFSTFCWHV EDHHLYSMNY LHTGDPKVWY GIPGNHAESF ENVMKKRLPD LFEEQPDLLH QLVTQLSPRI LKEEGVPVYR AVQRSGEFIL TFPKAYHSGF 401: NCGFNCAEAV NVAPVDWLVH GQNAVEGYSK QRRKSSLSHD KLLLGAAMEA TYCLWELSLS KKKTPVIARW KRVCSEDGLL TKAVKKRVQM EEERLNHLQD 501: GFSLRKMEGD FDNKRERECF LCFYDLHMSA SSCKCSPNRF ACLIHAKDLC SCESKDRYIL IRHTLDELWA LVRALEGDLD AIDLWASKCR DQYPSQHPRA 601: REYAYLKSAP CIKSRGSSKV QQREQNNLQL VSERLQSDLT SNKEVQLKQD GDSDVNRHGH ESERNHVHGI TDKSAVTDVK LGVGGKFDEK KISVESQNPH 701: SVSDVGCSEL AKKVDGCLGG KDQNAATNRL SLSVELLSSG SLVVKKLWCS KQAIYPKGFK SRVKFLSVLD PTNLTNYISE VLDAGLLGPL FRVSVEDYPT 801: ENFSNVSAEK CWQMVTQRLK LEIIKKCDQP VSSLTSLQPL ESINGLEMFG FLSPHVIKVV EALDPKHQLE EYWNQKAVKL FGAEPIKEGE KDDTEKGGAS 901: DPSLDRDTRL LRGLLKKATP EELVMMHGLL CGETRNTELK EELSTLVDKM EISP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)