AT4G05520.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.982 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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| FP Images |
7-day old Arabidopsis seedling (no marker)
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : EPS15 homology domain 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes AtEHD2, one of the Arabidopsis Eps15 homology domain proteins involved in endocytosis (AtEHD1, At3g20290). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
EPS15 homology domain 2 (EHD2); FUNCTIONS IN: GTP binding, GTPase activity, calcium ion binding; INVOLVED IN: endocytosis; LOCATED IN: plasma membrane, microsome, membrane, cytoplasm; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: EF-HAND 2 (InterPro:IPR018249), EPS15 homology (EH) (InterPro:IPR000261), Dynamin, GTPase domain (InterPro:IPR001401), EF-hand-like domain (InterPro:IPR011992), Calcium-binding EF-hand (InterPro:IPR002048); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: EPS15 homology domain 1 (TAIR:AT3G20290.2); Has 2647 Blast hits to 1775 proteins in 263 species: Archae - 2; Bacteria - 75; Metazoa - 1675; Fungi - 405; Plants - 219; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 271 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:2804522..2807833 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 61386.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 546 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: METSSTISIG SCLKEHQKIY KEWFNIADSD GDGRVSGNDA TKFFAMSKLS RQELKQVWAV ADSKRQGFLG LSEFITAMKL VSLAQEGHEI TSDLLKGSID 101: MKSVELPVLE GLENVVSKQK VSKTNVDVED NVVTKPQVTA KTPWFKSKSI IKPQVNVVTI VDGLKRLYTE KLKPLEVTYR FNDFASPVLT SSDFDAKPMV 201: MLLGQYSTGK TTFIKHLLGC DYPGAHIGPE PTTDRFVVAM SGPDERTIPG NTMAVQADMP FNGLTSFGGA FLSKFECSQM PHPVLDQITL VDTPGVLSGE 301: KQRMQRSYDF TGVISWFASK CDMILLLFDP HKLDISDEFK RVITSLRGNE DKIRVVLNKA DQVDTQQLMR VYGALMWSLG KVLNTPEVVR VYIGSFNDKP 401: INEVAVGPIG KELFEKEQND LLADLMDVPK KACDRKINEF VKRARSAKIN AYIMSHLKKE MPAMMGKSKA QQRLMDNLEE EFGKVQREFH LPAGDFPSVE 501: HFREVLGGYN IDKFEKLKPK MIQAVDDMLG YDIPDLLKKF RNPYDN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)