AT5G67270.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : end binding protein 1C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a homolog of animal microtubule-end-binding protein. There are two other members of this family. EB1 forms foci at regions where the minus ends of microtubules are gathered during mitosis and early cytokinesis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
end binding protein 1C (EB1C); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Calponin-homology (InterPro:IPR016146), Calponin-like actin-binding (InterPro:IPR001715), EB1, C-terminal (InterPro:IPR004953); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: microtubule end binding protein EB1A (TAIR:AT3G47690.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:26840248..26841984 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36387.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.65 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 329 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATNIGMMDS AYFVGRSEIL AWINSTLQLN LSKVEEACSG AVHCQLMDSV HPGTVPMHKV NFDAKSEYEM IQNYKVLQDV FNKLKITKHI EVSKLVKGRP 101: LDNLEFMQWM KKYCDSVNGG QHNYHALERR EASKGGKEAT KRAAATQQSG KSSSSSAPPR PSSSNGTRKH EPQSNNTGTH HSSTGNHHHS SKPSAKQSKP 201: VPAYDEKITE LKLYIDSLEK ERDFYFSKLR DVEILCQNPD TEHLPLVGSI KRILYAADGE DVGAAETQTL SPIAEGSEER RNSVTESQKR KLIVNLDVDV 301: AAITTLSPRQ RLSDASDVKC SGSSPLLTC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)